Die größte Neuerung ist der neu gebaute Wintergarten, der für eine verbesserte und ganzjährige Nutzung des Gebäudes sorgt. Hier beobachten die kleinen Entdecker die vier Elemente Feuer, Wasser, Erde und Luft und erleben so Natur und Technik hautnah. Von der Bodenplatte bis zum Dach ist das Gebäude energetisch saniert worden. Für mehr Barrierefreiheit sorgt ein ebenerdiger Zugang durch die Anhebung der Außenanlage sowie ein neues, behindertengerechtes WC im Erdgeschoss.

Bezirksbürgermeisterin Dr. Franziska Giffey übergab am 28.03.2017 symbolisch den Schlüssel für das sanierte Werkstattgebäude des Comenius-Gartens. Die feierliche Eröffnung fand zudem im Beisein des Staatssekretärs für Wissenschaft und Forschung, Steffen Krach, sowie des Direktors am Max-Planck-Institut für Wissenschaftsgeschichte, Prof. Dr. Jürgen Renn sowie des Gründers des Comenius-Gartens, Henning Vierck statt.

Die Baumaßnahme wurde aus Mitteln des Programms "Soziale Stadt" und aus bezirklichen Haushaltsmitteln mit einer Gesamtsumme von knapp 1,1 Mio Euro finanziert. In einem offenen Beteiligungsverfahen haben Kinder verschiedener Rixdorfer Schulen und Kitas an der Konzeption für die neue Werkstatt und das Gewächshaus mitgewirkt.